Das sind Platzhalter in den jeweiligen Templates. In einem Seiten-Template kann man z.B. festlegen, wo der Inhalt des Platzhalters, in dem Fall #NAVIGATION_BAR# die Naviagtion angezeigt werden soll.
Tipp: Öffne mal ein Seitentemplate und kopiere den Inhalt des Feldes 'body' in einen Web-Editor und schau dir das mal an. Da siehst Du dann, an welchen Stellen die Platzhalter in einer fertigen APEX-Seite angezeigt werden. Noch besser siehst Du es, wenn Du noch die zugehörige CSS-Datei aus der Anwendung mit einbindest.