Für alle Interessenten, die vielleicht auch an diesem Problem stecken geblieben sind, habe ich jetzt eine (unschöne) Lösung:

Die JS-Dateien einfach im Namen abändern und neu hochladen, die Referenzierung auf den Seiten ändern und dann wird das neuste File geladen.

Also bspw.:

my_js_v1.0.js, nach Update: my_js_v1.1.js ...